Análisis de sesgo de uso de codones del genoma del cloroplasto de Cistanche

Abstracto:

Objetivo Esclarecer el sesgo de uso de codones y los factores que influyen en el genoma del cloroplasto en cuatro plantas medicinales de Cistanche spp. Métodos Los parámetros de sesgo de uso de codones deCistanche desertica, Cistanchesalsa yCistanchetubulosafueron analizados por CUSP, CodonW 1.4.2, SPSS y Microsoft Excel.

Resultados Los genomas de cloroplastos de cuatro especies de Cistanche tenían patrones de uso de codones similares, con la tercera base de los codones todos terminados en A/T y tendían a usar las bases A/T de manera más favorable.

Los valores de ENC (número efectivo de codones) de las cuatro especies estaban todos por encima de 35, lo que indica que la preferencia de codones de los genes del cloroplasto en Cistanche spp. es débil. Los resultados de la gráfica de neutralidad, la gráfica ENC, la gráfica de sesgo de PR2- y el análisis de correspondencia indicaron que la selección natural fue el factor principal que influyó en el sesgo de uso de codones del genoma del cloroplasto en Cistanche spp. Los valores de RSCU (uso relativo de codones sinónimos) se utilizaron para identificar cuatro codones óptimos compartidos por cuatro especies de Cistanche spp.

Conclusión En este estudio, analizamos el sesgo de uso de codones de los genomas de cloroplastos de cuatro especies deCistanche tubulosa. y reveló los factores influyentes que afectan el sesgo de codones, lo que proporcionó la base teórica correspondiente para estudiar la evolución sistemática, la adaptación ambiental y la mejora de la raza deCistanchea nivel molecular.

Haga clic aquí para obtener extracto de Cistanche Tubulosa

Pregunta por más:

Correo electrónico:wallence.suen@wecistanche.com Whatsapp más 86 15292862950

Cistanche Hoffmanns. & Link es una hierba parásita perenne de la familia Orobanchaceae, distribuida principalmente en Europa y Asia, con cuatro especies deCistancheen Mongolia Interior, Ningxia, Gansu, Qinghai y Xinjiang [1].

Entre ellos,Cistanche deserticola Matiene el valor medicinal más alto y se conoce como "ginseng del desierto" porque crece principalmente en áreas desérticas. Sin embargo, las plantas medicinales del género Cistanche enfrentan confusión en la clasificación de plantas [2] y confusión en el uso de especies disponibles comercialmente [3]. Los cloroplastos son el sitio de la fotosíntesis en la mayoría de las plantas verdes, están involucrados en actividades metabólicas secundarias y de desarrollo [4] y coordinan la expresión génica entre los orgánulos y el genoma nuclear [5]. Los cloroplastos tienen un genoma heredado de forma autónoma y se utilizan ampliamente en estudios como el análisis filogenético de plantas, la identificación de especies y la expresión de la diversidad genética. En los últimos años, con la maduración de la tecnología de secuenciación de alto rendimiento del genoma del cloroplasto, varias plantas del género Cistanche, Cistanche salina C. salsa (CA Mey.) G. Beck, Cistanche salsa C. sinensis G. Beck y Cistanche tubulosa Wight han sido sometidos a estudios de secuenciación de cloroplastos, y su filogenia y genética Sin embargo, no hay estudios sobre la preferencia de codones del genoma de cloroplastos de Cistanche spp. ha sido reportado.

El codón, también conocido como código genético, es el puente entre los ácidos nucleicos y las proteínas. puente entre los ácidos nucleicos y las proteínas, y es un importante reconocimiento y transmisión de la información genética biológica Los codones, también conocidos como código genético, son vectores importantes para el reconocimiento y la transmisión de la información genética biológica y son una parte crucial en la herencia y variación biológica [8 ].

Debido a las diferencias en el proceso de traducción de proteínas entre especies, existe una tendencia a usar uno o varios procesos de traducción de diferentes especies, tienden a usar uno o varios codones específicos específicos. Este fenómeno se denomina sesgo de uso de codones (CUB) [9]. Este fenómeno se denomina sesgo de uso de codones (CUB) [9], y la preferencia de codones tiene un impacto significativo en la traducción de ARNm, la transcripción de ADN, la estructura de proteínas, la expresión y la expresión. La preferencia de codones juega un papel importante en la traducción del ARNm, la transcripción del ADN, la estructura de la proteína, la expresión, la función y el plegamiento cotraduccional, y otros procesos metabólicos celulares. La preferencia del codón juega un papel importante en los procesos metabólicos celulares, como la traducción del ARNm, la transcripción del ADN, la estructura de la proteína, la expresión, la función y el plegamiento cotraduccional [10]. Shi Yanshuo et al [11] analizaron la preferencia de codones de cuatro especies de Panax ginseng analizando la preferencia del genoma del cloroplasto de cuatro Panax Linn. mediante el análisis de la preferencia de codones de los genomas de cloroplastos de cuatro Panax Linn. plantas e infirió que las plantas del mismo género están más estrechamente relacionadas entre sí. Song Yun et al [12] demostraron que el gen ICE1 podría optimizarse en función de la preferencia de codones, haciéndolo más resistente al estrés por baja temperatura.

Song Yun et al [12] demostraron que el gen ICE1 podría optimizarse para la expresión bajo estrés a baja temperatura en función de la preferencia de codones; Li Xianhuang et al [13] encontraron que Li Xianhuang et al [13] encontraron que la preferencia de codones podría reflejar las relaciones evolutivas entre las especies; Zhang Jun Yan Li et al [13] encontraron que la preferencia de codones refleja la relación evolutiva entre especies; Jun Yan Zhang et al [14] demostraron que la mutación y la selección natural juntas afectan la expresión de Swertia bimaculate (L.). Zhang Junyan et al [14] demostraron que la mutación y la selección natural se combinaron para afectar la relación evolutiva de Swertia bimaculada (Sieb. et Zucc.) Hook. F. y Thoms. ex CB Clark preferencia de codón del genoma del cloroplasto por swertia bimaculada (Sieb. et Zucc.) Hook. F. y Thoms. El estudio de las preferencias de codones genómicos de cloroplastos en los genomas de cloroplastos de plantas se llevó a cabo para proporcionar una base para la domesticación de la colinabo. Por lo tanto, estudiar los patrones de uso de codones de los genomas de cloroplastos de plantas puede proporcionar una base para la domesticación del nabo. Por lo tanto, estudiar los patrones de uso de codones de los genomas de cloroplastos puede ayudar a mejorar la eficiencia de los mecanismos moleculares de construcción de vectores de expresión génica de adaptación al medio ambiente y mejora de las variedades de plantas. Por lo tanto, el estudio de los patrones de uso de codones de los genomas de cloroplastos de plantas puede proporcionar datos de apoyo para mejorar la eficiencia de la construcción de vectores de expresión génica, explorar las relaciones evolutivas de las especies, comprender los mecanismos moleculares de adaptación al medio ambiente y mejorar las especies de plantas [15].