Año nuevo, nueva variante del SARS-CoV-2: Resoluciones sobre protocolos de vigilancia genómica para enfrentar a Omicron

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La aparición de variantes del SARS-CoV-2 con transmisibilidad mejorada y parcialinmuneescape (también conocido como Variants of Concern, VOC) ha caracterizado el segundo año de la pandemia de COVID-19. La vigilancia genómica permite identificar linajes y COV ocultos y de rápida propagación antes de que se conviertan en una amenaza para la salud pública. El Instituto de Salud Pública de Chile (Instituto de Salud Publica, ISP) ha liderado iniciativas de vigilancia genómica del SARS-CoV-2 en Chile. Utilizando datos de secuenciación, el ISP ha señalado la introducción de COV y ha caracterizado su transmisibilidad y firmas mutacionales, contribuyendo a una mejor comprensión de las características locales de la pandemia.1

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Al 17 de diciembre de 2021, el VOC Omicron recién surgido se había extendido rápidamente a 89 países, incluido Chile.2 Para el 21 de diciembre, el ISP había identificado 119 muestras como Omicron. De estos, 118 corresponden a arribos al aeropuerto SCL y uno a transmisión comunitaria (Figura 1a, b). Si bien las características epidemiológicas de Omicron siguen en estudio, los informes actuales sugieren dos hechos preocupantes: primero, Omicron tiene un amplio escape de la neutralización tanto natural como provocada por la vacuna, lo que aumenta las posibilidades de reinfección e infecciones avanzadas.

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Específicamente,Inmune a Omicronescape reduciría la efectividad de la vacuna contra la enfermedad sintomática al 35 por ciento y al 73 por ciento para 2x individuos recién vacunados y reforzados, respectivamente, considerando las vacunas de ARNm (BNT162b2 de Pfifizer-BioNTech).3 Además, esta protección contra la infección parece disminuir en unos pocos meses y el la tasa de escape es mucho más alta para un refuerzo de BNT162b2 heterólogo en personas completamente vacunadas con la vacuna de virus inactivado de Sinovac, CoronaVac.4,5 Aunque al 9 de enero de 2022, 86.6 por ciento de la población chilena está completamente vacunada y por ciento recibió una inyección de refuerzo6 (Figura 1c), la mayoría de las dosis administradas corresponden a CoronaVac (55,3 por ciento) seguido de BNT162b2 (36,4 por ciento, típicamente refuerzo),7 por lo que corre el riesgo de otra ola.4

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En segundo lugar, inicialmente y en ausencia de nuevos NPI, Omicron alcanzó un tiempo de duplicación de 1.5- 3 días,8 por lo que se propagó más rápido que Delta VOC. Sin embargo, esto se explica mejor por la amplia experiencia de Omicroninmuneescape en lugar de un aumento inherente en la transmisibilidad básica.9 Por lo tanto, las NPI más estrictas pueden reducir considerablemente la transmisión. Aunque la protección contra el curso severo parece permanecer para las infecciones de Omicron, la alta incidencia entre la población pone en peligro el correcto funcionamiento de la infraestructura crítica, ya que grandes fracciones de la fuerza laboral requerirían pruebas y cuarentena. Por lo tanto, es fundamental para la toma de decisiones informadas determinar las variantes y propiedades circulantes a través de la vigilancia genómica.

Aunque la vigilancia genómica proporciona una instantánea de las variantes circulantes y sus firmas mutacionales, su confiabilidad depende de la calidad del protocolo de muestreo. A continuación, resumimos las recomendaciones oficiales para la vigilancia genómica10 en cuatro reglas simples que se deben considerar para un protocolo de muestreo sólido para la vigilancia genómica del SARS-CoV-2: las reglas CARD:

1. Coordinado: los esfuerzos de diferentes entidades deben estar centralizados y armonizados para evitar sesgos de selección, garantizar la representatividad, optimizar la asignación de recursos y estandarizar los protocolos de muestreo. Esta entidad también debe velar por la transparencia de los protocolos de muestreo, los cuales deben ser reportados junto con la información del genoma a GISAID.

2. Adaptativo: se debe aumentar la intensidad de la secuenciación para proporcionar una mejor resolución cuando se señala una nueva variante en los PDE y se detecta en la transmisión comunitaria y se debe disminuir a su tasa de referencia cuando se determina el dominio de la variante. Al hacerlo, los formuladores de políticas pueden actuar de forma preventiva (cf. Figura 1d).

3. Representativo: los protocolos de muestreo deben capturar las heterogeneidades espaciales, apuntar a diferentes grupos etnográficos, tener en cuenta los posibles sesgos de los colisionadores (p. ej., como muestreo solo de individuos sintomáticos o no vacunados, o de la misma cadena de contagio) y ser proporcionales a la incidencia actual para mantener la representatividad. En países como Chile, donde los centros urbanos están escasamente distribuidos, se debe asegurar la representatividad a nivel regional.

4. Diferencial: Las muestras recolectadas en (i) puntos de entrada (POE) y (ii) centros de vigilancia deben tratarse y analizarse por separado, ya que tienen diferentes propósitos. Una vez que se detectan nuevas amenazas en los puntos de entrada, se debe aumentar el muestreo de la comunidad para que la dinámica de reemplazo temprano entre las variantes se capture con precisión.

Dado que ya detectamos Omicron en la transmisión comunitaria, los legisladores chilenos deben adaptar dinámicamente el rigor de las intervenciones no farmacéuticas para prevenir su propagación mientras ofrecen vacunas de ARNm de refuerzo a fracciones más grandes de la población.11 En esta etapa, la vigilancia genómica es crucial para la preparación y los formuladores de políticas. no solo se debe apuntar a surfear la ola sino también aprender de ella. En conjunto, tenemos mayores posibilidades de éxito si jugamos bien nuestras CARTAS.

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Referencias

1 O ostica KY, Contreras S, Mohr SB, et al. Firmas mutacionales y transmisibilidad de las variantes Gamma y Lambda del SARS-CoV-2. preimpresión de arXiv arXiv:2108.10018. 2021.

2 Viana R, Moyo S, Amoako DG, et al. Rápida expansión epidémica de la variante Omicron del SARS-CoV-2 en el sur de África. Naturaleza. 2022.

3 Cele S, Jackson L, Khoury DS, et al. Omicron escapa ampliamente pero de forma incompleta a la neutralización de Pfifizer BNT162b2. Naturaleza. 2021.

4 Pérez-Entonces E, Lucas C, Monteiro VS, et al. Inmunogenicidad del refuerzo heterólogo BNT162b2 en individuos completamente vacunados con CoronaVac contra SARS-CoV-2 variantes Delta y Omicron: la experiencia de República Dominicana. medRxiv. 2021.

5 Lu L, Mok BW, Chen L, et al. Neutralización de SARS-CoV-2 variante Omicron por sueros de receptores de vacunas BNT162b2 o Coronavac. Clin Infect Dis. 2021:ciab1041.

6 Mathieu E, Ritchie H, Ortiz-Ospina E, et al. Una base de datos global de vacunas COVID-19. Comportamiento Nat Hum. 2021: 1–7.

7 168 grado informe epidemiológico, informe incidencia y gravedad de Casos covid-19 segun antecedentes de Vacunacion e informe Estra tegia Nacional de Tta [Internet]. Departamento de Estadísticas e Información de Salud. [citado el 13 de enero de 2022].

8 Torjesen I. Las restricciones de Covid se endurecen a medida que los casos de Omicron se duplican cada dos o tres días. BMJ. 2021;375:n3051

9 Lyngse FP, Mortensen LH, Denwood MJ, et al. SARS-CoV-2 Transmisión omicrona de COV en hogares daneses. medRxiv. 2021 diciembre

10 Organización Mundial de la Salud. Orientación para la vigilancia de las variantes del SARS CoV-2. Orientación provisional. [Internet] 9 de agosto de 2021.

11 Bauer S, Contreras S, Dehning J, et al. Relajar las restricciones al ritmo de la vacunación aumenta la libertad y protege contra nuevas oleadas de COVID-19. PLoS Comput Biol. 2021;17:(9) e1009288